lunes, 22 de julio de 2013

Bioreactor para la produccion de Etanol

Este es un sistema no lineal de ecuaciones diferenciales y algebraicas, que describen la dinámica de un biorreactor continuo. El biorreactor simula la producción de etanol a través de la fermentación de levadura. El modelo se describe en:
ZK Nagy, modelo de control basado en un biorreactor de fermentación utilizando diseñan óptimo Redes Neuronales Artificiales, Chemical Engineering Journal, 127, 95-109, 2007.
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miércoles, 17 de julio de 2013

Modelo Basico de un BioReactor en Matlab.

Este proyecto SimBiology contiene una versión modificada del modelo bioreactor presentado en la conferencia señala que "Una introducción a la modelización de los biorreactores" por Bengt Carlsson y se puede encontrar aquí: http://www.it.uu.se/edu/course/homepage / modynsyst/vt11/Lecture/DynSystBior2009.pdf
Se puede utilizar como una plantilla para los modelos más complicados de bioprocesos

domingo, 14 de julio de 2013

Instalar Biopython en Linux

isra@linuxmint ~ $ sudo su
[sudo] password for isra: 
linuxmint isra # apt-get install python-biopython
Leyendo lista de paquetes... Hecho
Creando árbol de dependencias       
Leyendo la información de estado... Hecho
Se instalarán los siguientes paquetes extras:
  libgfortran3 liblapack3 python-biopython-doc python-numpy
Paquetes sugeridos:
  wise muscle clustalw mafft emboss blast2 python-numpy-doc python-numpy-dbg
  python-nose python-dev gfortran
Se instalarán los siguientes paquetes NUEVOS:
  libgfortran3 liblapack3 python-biopython python-biopython-doc python-numpy
0 actualizados, 5 se instalarán, 0 para eliminar y 135 no actualizados.
Necesito descargar 15,4 MB de archivos.
Se utilizarán 34,4 MB de espacio de disco adicional después de esta operación.
¿Desea continuar [S/n]? s
De esta forma ya tenemos biopython  instalado en nuestro sistema, en mi caso uso linux mint.

isra@linuxmint ~ $ python
Python 2.7.4 (default, Apr 19 2013, 18:32:33) 
[GCC 4.7.3] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> from Bio.Seq import Seq
>>> secuencia = Seq ('ACGCGCTAGCTC')
>>> print(type(secuencia))
<class 'Bio.Seq.Seq'>
>>>



domingo, 7 de julio de 2013

Metodo del Polinomio Cubico en Matlab

Calcula la aproximacion ala Integral, utilizando el método de Aproximacion al polinomio Cubico
la función es la siguiente: Z = quad3(X,Y)
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miércoles, 3 de julio de 2013

Habilitar e inhabilitar botones, edit tex, Radio Button, Check Box, Listbox, Pop-up Menu, Axes, etc en Matlab

Sea  botones, edit tex, Radio Button, Check Box, Listbox, Pop-up Menu, Axes, etc en Matlab  puden ser habilitados e inhabilitados de una Gui que estemos creando en Matlab, simplemente con la propiedad enable, esta tiene tres opciones:
on; es la opcion que viene por default
off; en esta desactivamos y tambien se nota un cambio en la coloracio, "entra en un modo invisible"
inactive; en esta propiedad queda inactivo, pero si es visible  de una forma normal nuestro boton.

acontinuacion el codigo de ejemplo, poniendo el caso de un Pop-up Menu y un grupo de 3 botones

generamos una interfaz como sigue.


 
Nuestro codigo empleado fue el siguiente:

function popupmenu3_Callback(hObject, eventdata, handles)
estado = get(handles.popupmenu3,'Value');
switch estado
    case 1
        %estado on 
        set(handles.pushbutton3,'enable','on');     
    case 2
        %estado off
        set(handles.pushbutton4,'enable','off');
    otherwise
        %estado inactive
        set(handles.pushbutton5,'enable','inactive');
        
end