lunes, 3 de septiembre de 2012

BioInformatica en Matlab

La bioinformática, según una de sus definiciones más sencillas, es la aplicación de tecnología de computadores a la gestión y análisis de datos biológicos. Los términos bioinformática, biología computacional y, en ocasiones, biocomputación, utilizados en muchas situaciones como sinónimos, hacen referencia a campos de estudios interdisciplinares muy vinculados que requieren el uso o el desarrollo de diferentes técnicas estudiadas universitariamente en la Ingeniería Informática como ciencia aplicada de la disciplina informática. Entre estas pueden destacarse las siguientes: aplicada, estadística, ciencias de la computación, inteligencia artificial, química y bioquímica con las que el Ingeniero Informático soluciona problemas al analizar datos, o simular sistemas o mecanismos, todos ellos de índole biológica, y usualmente (pero no de forma exclusiva) en el nivel molecular. El núcleo principal de estas técnicas se encuentra en la utilización de recursos computacionales para solucionar o investigar problemas sobre escalas de tal magnitud que sobrepasan el discernimiento humano. La investigación en biología computacional se solapa a menudo con la biología de sistemas.
MATLAB es el nombre abreviado de “MATrix LABoratory”. MATLAB es un entorno de computación y desarrollo de aplicaciones totalmente integrado orientado para llevar a cabo proyectos en donde se encuentren implicados elevados cálculos matemáticosy la visualización gráfica de los mismos.
MATLAB integra análisis numérico, cálculo matricial, proceso de señal y visualización gráfica en 2D y 3D en un entorno completo donde los problemas y sus soluciones son expresados del mismo modo en que se escribirían normalmente, sin necesidad de hacer uso de la programación tradicional.
MATLAB tiene también un lenguaje de programación propio, que permite crear aplicaciones basadas en el robusto código de MATLAB.
MATLAB dispone también en la actualidad de un amplio abanico de programas de apoyo especializados, denominadosToolboxes, que extienden significativamente el número de funciones incorporadas en el programa principal. Estos Toolboxes cubren en la actualidad prácticamente casi todas las áreas principales en el mundo de la ingeniería y la simulación.
La Bioinformatics toolbox ofrece a los biólogos moleculares y a otros investigadores científicos un entorno abierto y extensible, en el cual pueden explorar ideas, hacer prototipos de nuevos algoritmos, y construir aplicaciones en investigación de drogas, ingeniería genética, y otros proyectos genómicos y proteomicos.
La toolbox provee acceso a formatos de datos genómicos y proteomicos, técnicas de análisis y visualizaciones especializadas para secuencias genómicas y proteomicas y análisis de microarrays.
La mayoría de las funciones están implementadas en el lenguaje abierto de MATLAB, permitiéndote personalizar los algoritmos o desarrollar tus propios algoritmos. Con este último Toolbox The MathWorks está entregando el poder y versatilidad de su ambiente informático técnico integrado directamente a la biotecnología y las industrias farmacéuticas.

Como resultado, los bioinformáticos pueden usar el toolbox para enfocar los esfuerzos en el centro de su trabajo – la investigación y análisis – sin los riesgos asociados con usar programas o software dispares.
Entre sus numerosos rasgos y capacidades, el Bioinformatics Toolbox proporciona el acceso a archivos del genoma en formatos normales, los bancos de datos basados en la web como GenBank y PIR, y las fuentes de los datos en línea.
El toolbox también ofrece las rutinas especializadas para visualizar los datos de Microarrays (micro-arreglos o biochips), incluyendo las cajas de gráfico, los gráficos I-R y los mapas espaciales de calor.
” Los bioinformáticos han tenido que invertir mucho tiempo en matemática de programación y algoritmos de estadística en un horario corto, tradicionalmente,” dijo Kristen Amuzzini, gerente del área de biotecnologia, farmacéutica e industria médica de, The MathWorks. Y continua : “La combinación de los productos de MATLAB de hoy y el nuevo Bioinformatics Toolbox entrega las herramientas que ellos necesitan para analizar gran cantidad de datos y como resultado da elementos que identifican los puntos donde potencialmente se necesita desarrollar un remedio rápida y eficazmente.”

Archivos y expresiones en formato comprensibles en genética, genómica proteomica.
Acceso a bases de datos de Internet
Herramientas de análisis de secuencias
Conversión, adaptación y estadísticas de secuencias del genoma y proteínas.
Herramientas de análisis de árboles filogenéticos
Gráficas de puntos, gráficas de grupos, gráficas de sectores y otras representaciones gráficas de datos genómicos y proteómicos.
Funciones para alineamiento por pares y alineamientos múltiples de secuencias
Capacidad para analizar y visualizar datos de microarrays
Soporte para preprocesamiento y análisis de espectrometría de masas.
Funcionalidad de ontología de los genes

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