Avogadro es un programa para dibujar estructuras moleculares realizando enlaces químicos, se pueden visualizar en 3D rotando la estructura, cambiando la perspectiva visual, y haciéndola girar en cualquier sentido y dirección sólo con los movimientos del ratón. Las vistas de las estructuras moleculares son espectaculares.

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Python For Bioinformatics (Archivos del libro)

Estos archivos son los ejemplos que trae el libro  python for bioinformatics.

D..E..S..C..A..R..G..A..R

'Kalzium' un gran Software de GNU para estudiantes de Quimica

Kalzium proporciona todo tipo de información sobre la tabla periódica de los elementos. Puede obtener abundante información sobre los elementos, además de utilizar distintos modos de visualización para mostrarlos. Es libre y está sujeto a los términos de la licencia pública GNU.

Puede visualizar la tabla periódica de los elementos por grupos, bloques y familias. Puede visualizar gráficos de datos de las propiedades de un grupo de elementos, como su punto de ebullición o su masa atómica. Puede viajar atrás en el tiempo para ver qué elementos eran conocidos en una fecha determinada. También puede calcular masas moleculares.

GUIA DESCARGA WINDOWS

Operación con matrices usando Sympy-Python

isra@linuxmint ~ $ python
Python 2.7.4 (default, Sep 26 2013, 03:20:56) 
[GCC 4.7.3] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> from sympy import Matrix
>>> Matrix([[1,2,3],[4,6,7]])
[1, 2, 3]
[4, 6, 7]
>>> A=Matrix([[1,2,3],[4,6,7]])
>>> b=3
>>> c = b*A
>>> c
[ 3,  6,  9]
[12, 18, 21]
>>> 
>>> x=Symbol('x')
>>> y=Symbol('y')
>>> H = Matrix([[x+y,4],[3,x-y]])
>>> H
[x + y,     4]
[    3, x - y]
>>> h = H*H
>>> h
[(x + y)**2 + 12,             8*x]
[            6*x, (x - y)**2 + 12]
>>> #matris identidad
... 
>>> eye(4)
[1, 0, 0, 0]
[0, 1, 0, 0]
[0, 0, 1, 0]
[0, 0, 0, 1]
>>> #matris ceros
... 
>>> zeros(4)
[0, 0, 0, 0]
[0, 0, 0, 0]
[0, 0, 0, 0]
[0, 0, 0, 0]
>>> #matris unos
... 
>>> ones(5,6)
[1, 1, 1, 1, 1, 1]
[1, 1, 1, 1, 1, 1]
[1, 1, 1, 1, 1, 1]
[1, 1, 1, 1, 1, 1]
[1, 1, 1, 1, 1, 1]
>>> v1 = Matrix([1,2,3])
>>> v2 = Matrix([5,7,8])
>>> v3 = v1.cross(v2)
>>> v3
[-5, 7, -3]
>>> #producto punto
... 
>>> v4 = v1.dot(v2)
>>> v4
43

Integrando Con Sympy- Python

isra@linuxmint ~ $ python
Python 2.7.4 (default, Sep 26 2013, 03:20:56) 
[GCC 4.7.3] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> from sympy import*
>>> ## integrando con sympy
>>> x=Symbol('x')
>>> y=Symbol('y')
>>> integrate(cos(x))
sin(x)
>>> integrate(log(x),x)
^[[1~x*log(x) - x
>>> integrate(log(x),x)
x*log(x) - x
>>> integrate(x**2 + cosh(x))
x**3/3 + sinh(x)
>>> ## integrales definidas
... 
>>> integrate(x**3,(x,-1,1))
0
>>> integrate(sin(x),(x,-pi/2,pi/2))
0
>>> integrate(cos(x),(x,-pi/2,pi/2))
2
>>> ## al infinito 
... 
>>> integrate(cos(x),(x,-pi/2,pi/2))
2
>>> integrate(x**3,(x,-1,+oo))
oo
>>> integrate(exp(-x**2),(x,-oo,+oo))
sqrt(pi)

Sympy aplicado a Ingenieria Quimica

from sympy import*
x= Symbol('x')
y=Symbol('y')
z=Symbol('z')
w=Symbol('w')
#C1=x,C2=y,c3=z.,c4=w
res = solve([75*x-25*y-350,-45*y+45*x, 75*x-105*z+30*w,-20*y+30*w-150],[x,y,w,z])
print(res)

El diagrama es el siguiente.

Ejecutando el código:

{x: 7, w: 29/3, z: 163/21, y: 7}


------------------
(program exited with code: 0)
Press return to continue

Introduccion a Sympy parte 1

Perdonen la falta de videotutoriales o  post, ya que  hemos estado algo ocupados, por fin se termino el trimestre y antes de irnos de vacaciones  de semana santa, publicaremos un poco sobre una herramienta de calculo que es mi favorita incluso mas que Matlab, se trata de Sympy. 

SymPy es una biblioteca escrita en Python cuyo objetivo es reunir todas las características de un sistema de álgebra computacional (CAS), ser fácilmente extensible y mantener el código todo lo simple que sea posible. SymPy no requiere ninguna biblioteca externa, salvo para soporte gráfico.

Algo que me sorprende de sympy  es el trato que reciben las constantes. como Pi, e. Son consideradas símbolos lo que permite un calculo de alta precisión.

isra@linuxmint ~ $ python
Python 2.7.4 (default, Sep 26 2013, 03:20:56) 
[GCC 4.7.3] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> from sympy import *  #importamos todo!!!
#.evalf() accede al valor de una  constante o simbolo
>>> pi.evalf()
3.14159265358979
>>> pi.evalf(20)
3.1415926535897932385
>>> pi.evalf(100)
3.141592653589793238462643383279502884197169399375105820974944592307816406286208998628034825342117068
#evaluando el numero e
>>> exp(1).evalf()
2.71828182845905
>>> exp(1).evalf(10)
2.718281828
>>> exp(1).evalf(50)
2.7182818284590452353602874713526624977572470937000

También existe una clase para representar al infinito matemático, llamada oo:

>>> #calcularemos un limite
... 
>>> x=Symbol('x')
>>> limit((x**3+2*x-1)/(x**3+4),x,oo)
1
>>> # por la izquierda.
... 
>>> limit((x**3+2*x-1)/(x**3+4),x,-oo)
1