Python para Bioinformatica — Introducción al Comando Seq (parte 2)

Python para BioInformatica introducción al comando Seq (parte 1)

- Cortando una Secuencia.

>>> from Bio.Seq import Seq
>>> from Bio.Seq import IUPAC
>>> secuencia = Seq ("ACGCTAGCTAGCTCGCAACGCTCGAACGCTCG")
>>> len(secuencia)
32
>>> secuenciacorta = secuencia[5:10]
>>> secuenciacorta
Seq('AGCTA', Alphabet())

-Convertir de String a Secuencia
 este tipo de conversión es muy útil cuando tenemos un archivo de texto plano o introducimos    mediante un programa nuestra secuencia.

>>> secuencia = input('introduce tu secuencia: ')
introduce tu secuencia: AGCTGCGTG
>>> secuencia
'AGCTGCGTG'
>>> type(secuencia)
<class 'str'>
>>> Secuencia2 = Seq(secuencia)
>>> type(Secuencia2)
<class 'Bio.Seq.Seq'>
>>> ## se puede hacer en la misma linea
>>> SECUENCIA = Seq(input('introduce tu secuencia: '))
introduce tu secuencia: AGCTCGACGCT
>>> type(SECUENCIA)
<class 'Bio.Seq.Seq'>

-Transcripción y Translación

>>> secuencia = Seq ("ACGCTAGCTAGCTCGCAACGCTCGAACGCTCG")
>>> transcripcion =secuencia.transcribe()
>>> transcripcion
Seq('ACGCUAGCUAGCUCGCAACGCUCGAACGCUCG', RNAAlphabet())

>>> traslacion = secuencia.translate()
>>> traslacion
Seq('TLASSQRSNA', ExtendedIUPACProtein())